博德之门3要激活自定义模式，玩家只需要从菜单中开始一个新游戏，然后在选择难度时选择它。它是右边的选项。如果玩家在荣誉模式中失败，自定义模式也对玩家开放。玩家可以从上次保存的地方继续以自定义模式进行游戏。

　　以下设置可以在自定义模式中调整：

　　单一保存：设置玩家是否可以在战役中保留多个保存。

　　单独确定敌人的侵略性、角色的力量、敌人的装备和其他战斗机制是否遵循探险者、平衡或战术家难度模式的规则。

　　熟练度加成：确定对于熟练技能的技能检查，有多大的属性加成(从0到4)。

　　敌人暴击：确定敌人是否可以对队伍造成暴击。

　　无死亡豁免：如果开启，队友会被击倒并稳定，而不会因为在他们的回合中失去死亡豁免而冒着死亡的风险。

　　禁用免费第一击：如果开启，在战斗开始前攻击会消耗该角色的回合。

　　营地消耗倍数：长休息的平均消耗是40(战术家是80);确定这个数字是减半、不变还是增加(最多到120)。

　　短休息全愈：如果开启，进行短休息会恢复满血，而不是一半。

　　交易价格修正：确定商店的价格和玩家可以出售物品的价值。

　　多职业：如果开启，每个角色在达到2级时可以选择一个额外的职业。

　　总是提示反应：如果开启，可以暂停游戏的反应(战斗中允许角色反应的触发器)会这样做。

　　隐藏NPC的生命值：如果开启，玩家无法看到NPC有多少生命值。

　　隐藏失败的感知检查：如果开启，如果一个自动检查在环境中失败，玩家不会知道(例如，在世界中发现陷阱或隐藏的宝箱)。

　　隐藏对话中的被动检查：如果开启，如果一个检查在对话中失败，玩家不会知道(成功的检查通常会揭示信息或解锁一个新的对话选项)。

　　在投掷前预览对话检查的难度：如果开启，玩家在对话中可以在进行检查之前看到检查有多难。

　　在投掷时隐藏难度等级：如果开启，玩家无法看到他们的投掷必须达到的数字才能通过检查。