《代号:R》的故事发生在宗教与科技共同发展的幻想世界。神秘的机械堡垒、废土上的隐秘城市、众神死亡的荒野、终将消亡的文明···。当笼罩世界的光辉被驱散，重拾力量的人类，又将何去何从？